《魔法少女伊莉雅第三季》讲述主要围绕伊莉雅展开，就读穗群原学园的一般女生伊莉雅，在某天遇到了自称人工天然精灵的魔法露比万花筒之杖，并强制地被缔结契约，成为了魔法少女伊莉雅。此时已是红宝石之星持有人的她，也变成了万花筒之杖原持有者的魔术师远坂凛的奴隶，在其的命令之下，被迫帮忙回收职阶卡片魔法少女伊莉雅第三季