故事叙述突击人类的异次元体交战中失去姐姐的少年和哉，继承了姐姐的遗志，进入对异次元体作战学校杰尼提克斯。那里其实是一座为了随时与未知的敌人交战，少年少女们互相交锋磨练的学园。在学园最强的女学生、有着禁止接触女王之称的莎堤莱萨身上感受到与姐姐相似身影的和哉开始朝她接近零度战姬第二季